小型医疗污水处理设备是针对医疗机构（如诊所、卫生院、小型医院等）产生的污水量相对较小而设计的污水处理系统。
小型医疗污水处理设备的工作原理通常涉及物理、化学和生物处理方法的综合运用：
物理处理法：主要去除污水中的悬浮物、大颗粒杂质等。包括过滤法（通过过滤介质如砂、活性炭等截留悬浮物）、格栅截留法（利用格栅拦截较大的悬浮物）、气浮法（通过向污水中注入空气，使悬浮物附着在气泡上并上浮至水面，实现分离）以及沉淀法（利用重力作用使悬浮物在污水中沉降到底部）。
化学处理法：利用化学反应去除污水中的溶解性污染物或将其转化为无害物质。包括中和（调节污水的pH值，使其达到中性或接近中性）、混凝（加入混凝剂使污水中的胶体颗粒凝聚成较大的颗粒，便于后续处理）、电解（通过电解作用去除污水中的某些污染物）、氧化还原（利用氧化剂或还原剂将污水中的有害物质转化为无害物质）以及吸附（利用吸附剂如活性炭吸附污水中的有害物质）。
生物处理法：利用微生物的代谢作用去除污水中的有机物和某些无机物。在小型医用污水处理器中，生物处理法通常采用生物反应器，如生物接触氧化池。该池内填充有填料，微生物附着在填料上形成生物膜。污水通过生物反应器时，与生物膜上的微生物接触并发生生物氧化反应，从而去除有机物。
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